Uroczystość rozpoczęcia roku szkolnego 2008/2009 poprzedziła Msza Święta w szlachtowskim Kościele pod wezwaniem Matki Bożej Pośredniczki Łask z udziałem uczniów, nauczycieli i rodziców. Mszę odprawił Proboszcz Parafii ks. Józef Włodarczyk.

Dnia 2 października jako przedstawiciele Szkoły Podstawowej nr 3 im. Jana Pawła II w Szlachtowej wyjechaliśmy na Jasną Górę, aby uczestniczyć w ósmej już pielgrzymce Rodziny Szkół im. Jana Pawła II. W pielgrzymce, pod opieką trzech nauczycieli: księdza Józefa Włodarczyka, pani dyrektor Iwony Jarzębskiej oraz pani Agnieszki Sobierskiej, wzięło udział 25 uczniów naszej szkoły, niektórym z nich towarzyszyli rodzice lub dziadkowie.

Niezwykle doniosły charakter miała uroczystość otwarcia Szlaków Papieskich, która odbyła się na terenie miasta i gminy Szczawnica 12 października br., w niedzielę poprzedzającą 30. rocznicę wyboru Karola Wojtyły na Stolicę Piotrową.

Z okazji Dnia Edukacji Narodowej 14 października Samorząd Uczniowski Szkoły Podstawowej nr 3 ( pod opieką p. M. Majerczak i p. D. Owsianki) przygotował galę rozdania Nauczycielskich Serc. Wszyscy uczniowie głosowali na nauczycieli w ośmiu kategoriach.

13 listopada w Szkole Podstawowej nr 3 w Szlachtowej, po raz jedenasty odbył się Festiwal Pieśni Patriotycznej i Religijnej. Jak co roku jego organizatorką była nauczycielka naszej szkoły Pani Teresa Topolska, która wykonała także dekorację do konkursu. Piosenki na festiwalu zaprezentowali uczniowie z trzech szkół: SP nr 1 w Szczawnicy, SP nr 1 w Krościenku oraz SP nr 3 w Szlachtowej. W konkursie wzięło udział 33 uczestników, którzy startowali w trzech kategoriach: soliści, duety klasy 0-III oraz duety klasy IV-VI.

Podsumowanie akcji: "Góra grosza" w roku szkolnym 2008/2009.
Młodzież naszej szkoły uzbierała razem 604,44 zł. Ilość monet: 14459 (8416 w ubiegłym roku). Waga monet łącznie 31,38kg (17,74 kg w poprzednim roku). Średnio na jednego ucznia 7,03 zł (3,11 zł - poprzedni rok). I miejsce w zbiórce monet zajęła klasa VI (kwota 93,87 zł, waga 4,90 kg, średnio na każdego ucznia 10,43 zł), II miejsce zajęła klasa I (kwota 188,51 zł, średnio na ucznia 9,92 zł), III miejsce zajęła klasa III (kwota 121,01 zł, średnio na ucznia 7,56 zł), i IV miejsce klasa V (kwota 106,70 zł, średnio na ucznia 6,67 zł). Indywidualnie najwięcej nazbierali: Anna Pietrzak - 63,17 zł, Dominika Bielska - 28,36 zł, Agata Sopata - 25,67 zł, Karolina Surowiec 24,68 zł, Łukasz Proński - 21,17 zł.

19 grudnia uczniowie naszej Szkoły montażem teatralno- artystycznym wprowadzili w świąteczny nastrój wszystkich obecnych w tym dniu w szkole gości. Wiersze i kolędy wykonane przez dzieci poruszyły serca obserwatorów. Był wspólny opłatek i życzenia na Święta i Nowy Rok. Spotkanie przygotowały nauczycielki: Teresa Topolska i Agnieszka Sobierska.

Dnia 18 stycznia w kościele w Szlachtowej po raz piąty odbył się Koncert kolęd i pastorałek organizowany przez naszą Szkołę. W tym roku wystąpiła grupa aż 46 wykonawców, połowa uczniów uczęszczających do szkoły. Na wielu próbach, które odbywały się nawet w dni wolne od nauki, uczniowie ćwiczyli śpiew kolęd pod czujnym okiem organizatorki koncertu pani Teresy Topolskiej. Efekt był oszałamiający. Kościół pękał w szwach a wielu obecnych gości uroniło niejedną łezkę wzruszenia. Kilkakrotnie proszono o bis.

W dniu 21 stycznia w Sali kina Pieniny odbyły się miejskie eliminacje do XXXIII Młodych Recytatorów i Gawędziarzy im. A. Skupnia – Florka w Białym Dunajcu. Naszą szkołę reprezentowali: Kuba Ziemianek (I miejsce), Iwonka Gołdyn (III miejsce), Ania Koza , Karolinka Surowiec, Maciek Krzyśko, Bartek Hurkała, Adam Gałysa, Monika Kwaśnica (III miejsce), Darek Maślanka (III miejsce), Jakub Salamon, Aneta Sopata, Piotr Mastalski (II miejsce), Natalia Regiec, Weronika Majerczak, Anna Szczepaniak.

13 lutego 2009 r., czyli w ostatni dzień nauki w szkole przed feriami zimowymi, uczniów naszej Szkoły Podstawowej odwiedzili przedstawiciele Straży Miejskiej ze Szczawnicy: komendant Andrzej Bańkosz oraz funkcjonariuszka Ewa Nalepa.